rblt main screen
Le package rblt R-bio-logging-toolbox est une application R-shiny de visualisation des données accéléros des bio-loggers AXYTREK, CATS, et des bio-loggers WACU, fabriqués par le service MIBE de l’IPHC
Il est possible d’associé à ces données la vision des comportements des animaux enregistrés depuis le logiciel BORIS http://www.boris.unito.it/
rblt main screen
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Version stable en cours de soumission a CRAN
install.packages(rblt)Version de développement accessible depuis github.
install.packages("devtools")
devtools::install_github("sg4r/rblt")Visualisation des métrics depuis un Bio-loggers CATS, AXYTREK et WACU. Les données sont simulées pour avoir un apercus des fonctions de visualisations.
library(rblt)
#Pour des Bio-loggers CATS
dir.create("~/rtoolbox/")
cdemo10k="~/rtoolbox/democats-10k.h5"
cdemo10kbe="~/rtoolbox/democats-10kbe.csv"
cdemo2600k="~/rtoolbox/democats-2600k.h5"
cdemo2600kbe="~/rtoolbox/democats-2600kbe.csv"
rblt::democats2h5(cdemo10k)
rblt::democats2h5(cdemo2600k,nbrow=2600000)
rblt::democatsmkbe(fbe = cdemo10kbe,nbrow = 10, nbseq = 20)
rblt::democatsmkbe(fbe = cdemo2600kbe,nbrow = 10, nbseq = 20)
#Pour des Bio-loggers AXYTREK
ademo="~/rtoolbox/demoaxytrek-10k.h5"
rblt::demoaxytrek2h5(ademo)
#Pour des Bio-loggers WACU
wdemo="~/rtoolbox/wacudemo-10k.h5"
rblt::demowacu2h5(wdemo)
#definition des bio-loggers a afficher
ll=LoggerList$new()
ll$add(LoggerCats$new(cdemo10k,filebehavior=cdemo10kbe))
ll$add(LoggerCats$new(cdemo2600k))
ll$add(LoggerCats$new(cdemo2600k, filebehavior=cdemo2600kbe ,besep="," ))
ll$add(LoggerAxytrek$new(ademo))
ll$add(LoggerWacu$new(wdemo))
#affichage des informations
ui=LoggerUI$new(ll)
ui$gui()Dans la mesure où les différents bio-logger n’utilisent pas le même format de données, il est nécessaire de convertir les données au format utilisé par la librairie rblt.
Convertissez les résultats de vos données au format csv avec la fonction rblt::cats2h5
filecatscsv="~/rtoolbox/20180216-004210-CC-07-48_15-02-2017_1.csv"
filecatsh5="~/rtoolbox/CC-07-48_15-02-2017_1.h5"
rblt::cats2h5(filecatscsv,50,filecatsh5)
[1] "in: ~/rtoolbox/20180216-004210-CC-07-48_15-02-2017_1.csv"
[1] "out: ~/rtoolbox/CC-07-48_15-02-2017_1.h5"
[1] "nbrow: 17099"
filecatscsv="~/rtoolbox/20180214-222647-CC-07-48_14-02-2017_1.csv"
filecatsh5="~/rtoolbox/CC-07-48_14-02-2017_1.h5"
rblt::cats2h5(filecatscsv,50,filecatsh5)
[1] "in: ~/rtoolbox/20180214-222647-CC-07-48_14-02-2017_1.csv"
[1] "out: ~/rtoolbox/CC-07-48_14-02-2017_1.h5"
[1] "nbrow: 5868"Convertissez les résultats de vos données du format csv avec la fonction rblt::axytrek2h5
atreks1="~/rtoolbox/axytrec-s1.h5"
rblt::axytrek2h5("~/rtoolbox/AXYTREK2_S1.csv",25,atreks1)
[1] "in: ~/rtoolbox/AXYTREK2_S1.csv"
[1] "out: ~/rtoolbox/axytrec-s1.h5"
[1] "nbrow: 670051"
atreks2="~/rtoolbox/axytrec-s2.h5"
rblt::axytrek2h5("~/rtoolbox/AXYTREK5_S1.csv",25,atreks2)
[1] "in: ~/rtoolbox/AXYTREK5_S1.csv"
[1] "out: ~/rtoolbox/axytrec-s2.h5"
[1] "nbrow: 2234282"Convertissez les résultats de vos données au format csv avec la fonction rblt::wacu2h5dt Pour ajouter les informations accelero, il est nécéssaire d’utiliser l’utilitaire en C++ wacu2csv
w134="~/rtoolbox/wacu134.h5"
wacu2h5("~/rtoolbox/wacu134_TRDDU_cc.txt",w134)
# voir wacu2csv pour la concersion des données accéléros en csv, puis
wacu2hacc("~/rtoolbox/wacu134_TRDDU_cc_ACC.csv",w134)Créer un objet de la classe LoggerList qui va contenir la listes des fichiers de données a visualiser. Puis créer une vue avec l’object de la classe LoggerUI qui affichera les différentes données.
library(rblt)
l=LoggerList$new()
l$add(LoggerCats$new("~/rtoolbox/CC-07-48_14-02-2017_1.h5",filebehavior="~/rtoolbox/CC-07-48_14-02-2018.txt"))
l$add(LoggerCats$new("~/rtoolbox/CC-07-48_15-02-2017_1.h5"))
l$add(LoggerCats$new("~/rtoolbox/democats-10k-pts.h5"))
lui=LoggerUI$new(l)
lui$gui()exemples d’utilisation avancée
Par défaut tous les métrics du type de Bio-loggers sont affichés. Il est possible de limiter les métrics afficher en définissant le vecteur metricshow lors de l’initialisation d’un bio-logger Utiliser T pour afficher le métric, et F pour le cacher
ll=LoggerList$new()
ll$add(LoggerCats$new("~/rtoolbox/democats2h5.h5",metricshow=c(T,F,T,F,F,F)))
#affichage des informations
ui=LoggerUI$new(ll)
ui$gui()Utiliser getdata() pour avoir une copie de la matrice des données
lg=LoggerCats$new(cdemo10k)
lm=lg$getdata()
lmréccuperer les données, puis réaliser divers calcul sur la matrice, puis rajouter le résultat via setextmatrix et metriclst add Exemple pour calculer la moyenne mobile avec un LoggerCats
library(caTools)
lg=LoggerCats$new(cdemo10k)
lm=lg$getdata()
lt=lm[,"l"]
ltrm5=runmean(lt, 5)
ltrm10=runmean(lt, 10)
ltrm20=runmean(lt, 20)
extm=cbind(lt,ltrm5,ltrm10,ltrm20)
lg$setextmatrix(extm)
lg$metriclst$add(Metric(name="RunMeanLight",colid=1,colnb=4,srcin=FALSE))
#creation de la liste des logger a afficher
ll=LoggerList$new()
ll$add(lg)
#affichage des informations
ui=LoggerUI$new(ll)
ui$gui()chaque type de Logger a des metrics par defaut. il est possible de les afficher avec le commande metriclst draw
lg=LoggerCats$new(cdemo10k)
lg$metriclst$draw()Il est possible de redéfinir l’ordre affichage des metrics, sous reserve d’avoir de bien indiquer les bons parramétres Il est possible de redefinir l’affichage des comportements pour chaque metric
lg=LoggerCats$new(cdemo10k,filebehavior=cdemo10kbe)
lg$metriclst$draw()
lm=MetricList$new()
lm$add(Metric("Gyroscope",4,3,beobs=TRUE))
lm$add(Metric("Magnetometer",7,3))
lm$add(Metric("Accelerometer",1,3,beobs=TRUE))
lg$metriclst=lm
ll=LoggerList$new()
ll$add(lg)
#affichage des informations
ui=LoggerUI$new(ll)
ui$gui()Lors de la conversion des données des fichiers CATS ou AXYTREK il est nécessaire d’indiquer dans la variable accres la fréquence d’échantillonnage utilisée lors de l’acquisition. voir les fonction rblt::axytrek2h5 ou rblt::cats2h5