Bakgrund

Vid dataexport till RC:s kompassen krävs andra sjukhuskoder än de som normalt används inom RCC. Dessutom tillämpas kodsättning på förvaltningsnivå för sjukhus inom regionen.

Översättningsmatriser

decoder-paketet innehåller två översättningsmatriser till nytta vid data-export till RC:

• sjukhus_rc översätter RCC:s sjkhuskoder till motsvarande koder som används av RC
• forvaltning_rc Översätter RCC:s sjukhuskoder till förvaltningskoder som används av RC

Utöver dessa båda huvudmatriser finns ytterligare två hjälpmatriser som inte är avsedda för (men som trots allt går) att använda direkt (se nedan:

• sjukhus_rc_kod2klartext översätter RC:s koder till deras motsvarande sjukhusnamn i klartext. Observera att dessa namn inte nödvändigtvis överrensstämmer med motsvarande namn hos RCC (se nedan).
• forvaltning_rc_kod2klartext översätter RC:s förvaltningskoder till klartext. Dessa koder kanske i någon mån kan sägas motsvara RCC_s sjukhusområden (som dock baseras på folkbokföring) och inte som här, på VGR:s interna förvaltningsstruktur.

Exempel

Låt anta att vihar följande INCA-data att exportera till RC:

df <- 
  data.frame(
    sjukhus          = c("51012", "53011", "53013", "52011", "50070"),
    something        = sample(letters, 5),
    something_else   = sample(LETTERS, 5),
    stringsAsFactors = FALSE
  )
knitr::kable(df)

Vi vill här översätta RCC:s sjukhuskod till motsvarande kod som används av RC:

# Vi använder också dplyr för data managemant
suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))
library(decoder)

df %>% 
  mutate(
    sjukhus_rc     = decode(sjukhus, "sjukhus_rc"),
    forvaltning_rc = decode(sjukhus, "forvaltning_rc")
  ) %>% 
  knitr::kable()

Kanske är detta tillräckligt för RC? Men kanske vill vi också se sjukhus-och förvaltningsnamn i klartext för att exempelvis kunna felsöka:

df %>% 
  mutate(
    sjukhus_rc_kod  = decode(sjukhus, "sjukhus_rc"),
    forv_rc_kod     = decode(sjukhus, "forvaltning_rc"),
    sjukhus_rc_namn = decode(sjukhus, "sjukhus_rc", "sjukhus_rc_namn"),
    forv_rc_namn    = decode(sjukhus, "forvaltning_rc", "forvaltning_rc_namn")
  ) %>% 
  knitr::kable()

Översättning till sjukhus- och förvaltningsnamn sker här med hjälp av argumentet extra_functions till decode-funktionen. Ett alternativt sätt är att nyttja de båda hjälpmatriserna enligt ovan:

df %>% 
  mutate(
    sjukhus_rc_kod      = decode(sjukhus, "sjukhus_rc"),
    forvaltning_rc_kod  = decode(sjukhus, "forvaltning_rc"),
    sjukhus_rc_namn     = decode(sjukhus_rc_kod, "sjukhus_rc_code2klartext"),
    forvaltning_rc_namn = decode(forvaltning_rc_kod, "forvaltning_rc_code2klartext")
  ) 

En fördel med den fösra metoden framför den andra är att översättningen kan ske i ett steg istället för två. Just i detta exempel hade vi redan skapat sjukhus_rc_kod respektive forvaltning_rc_kod och kunde då utgå från dessa som mellansteg (något som också underlättas av att vi använder dplyr::mutate). Om så inte hade varit fallet skulle det krävas omkodning i två steg såsom:

decode(decode(df$sjukhus, "sjukhus_rc"), "sjukhus_rc_code2klartext")

## [1] "Kungälvs sjukhus" "Lidköping"        "Skövde"          
## [4] "SÄS Borås"        "Lundby sjukhus"

Skillnader i sjukhusnamn

Vi illustrerar här skillnaderna mellan sjukhusnamn som används av RC och RCC genom att utgå från RCC:s sjukhuskoder som återfinns i översättningstabellerna, det vill säga internt i översättningsobjektet sjukhus_rc$key:

sjukhusnamn <- 
  data_frame(
    rcc_sjukhus_kod = decoder:::sjukhus_rc$key,
    rcc_sjukhus_namn = decode(rcc_sjukhus_kod, "sjukhus"),
    sjukhus_rc_namn = decode(rcc_sjukhus_kod, "sjukhus_rc", "sjukhus_rc_namn")
  ) 

## Warning: `data_frame()` is deprecated, use `tibble()`.
## This warning is displayed once per session.

## Warning: Some codes could not be translated (500004)

knitr::kable(sjukhusnamn)

Vi finner att 14 namn av 19 skiljer sig åt.

Att RCC saknar namnöversättning för Angereds närsjukhus kan bero på att paketet än så länge utgår från en gammal översättningstabell (detta kommer uppdateras inom kort).

Hela regionen

RC kodar också hela GVR:s data med koden 55555. Detta faller dock utan för ramen för översättning direkt från sjukhuskod. Just nu rekmmeneras därför att detta hanteras separat.